Το ανάκτορο, όπως είναι γνωστό αποκαλύφθηκε το 1963 από τον αείμνηστο αρχαιολόγο Γιάννη Σακελλαράκη, ανασκαφέα και άλλων σημαντικών θέσεων στο νησί φέρνοντας στο φως εντυπωσιακά ευρήματα, που κοσμούν σήμερα το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου.
Το ανάκτορο, που βρίσκεται στο κέντρο της σύγχρονης πόλης στην λεγόμενη Τουρκογειτονιά είχε καταστραφεί από σεισμό περί το 1700 π.Χ. για να ξανακτισθεί και να ανθίσει ως το 1450 π.Χ., όταν ήρθε η τελική καταστροφή. Ωστόσο, όπως έδειξαν οι ανασκαφές Μυκηναίοι εγκαταστάθηκαν στη συνέχεια ενώ κατοίκηση υπήρξε και στη Γεωμετρική εποχή, την Αρχαϊκή, τη Ρωμαϊκή καθώς και στην Τουρκοκρατία.
Πρώτος που αναζήτησε το ανάκτορο ήταν ο ΄Αρθουρ Έβανς, λόγω ορισμένων σημαντικών ευρημάτων στην περιοχή και θεωρώντας, ότι εκεί θα βρισκόταν το “θερινό ανάκτορο της Κνωσού” σύμφωνα με τις βικτωριανές αντιλήψεις της εποχής. Οι ανασκαφές του Γιάννη και της ΄Εφης Σακελλαράκη έδειξαν, ότι πρόκειται για ένα πολυτελές ανάκτορο, που ίσως ανήκε σε κάποιον γόνο της δυναστείας της Κνωσού. Στιβαροί τοίχοι, λαμπερές λεπτομέρειες με γυψόλιθο, τοιχογραφίες, ένας εξαιρετικά μεγάλος αριθμός βωμών διαφόρων ειδών, και πολύτιμα αντικείμενα το επιβεβαιώνουν.
Ανάμεσά τους τα χρυσελεφάντινα ειδώλια, που βρέθηκαν σε ένα από τα 35 – ως σήμερα – δωμάτιά του, καθώς και ο περίφημος οικίσκος των Αρχανών. Σε γειτονικές περιοχές εξάλλου, βρέθηκε το Αρχείο και ο θεατρικός χώρος του ανακτόρου.
Σημειώνεται, ότι προκειμένου να διασωθεί το σπουδαίο αυτό εύρημα από τη σύγχρονη δόμηση οι ανασκαφείς φρόντισαν νωρίς, μέσω του Ιδρύματος Ψύχα να αγοράσουν γειτονικά οικόπεδα και σπίτια, ώστε να μην υποστούν οι κάτοικοι την ταλαιπωρία της απαλλοτρίωσης. Τα σπίτια αυτά δωρήθηκαν στο Ελληνικό Δημόσιο.
Ας σημειωθεί ότι οι Αρχάνες έχουν γίνει παγκοσμίως γνωστές από τις επιστημονικές δημοσιεύσεις του Γιάννη και της Έφης Σακελλαράκη στον ελληνικό και διεθνή Τύπο, ταινίες (ZDF, National Geographic κ.ά.) τόσο για το ανάκτορο και το νεκροταφείο στο Φουρνί όσο και για τον ναό της ανθρωποθυσίας στη θέση Ανεμόσπηλια. Η ανασκαφή στις Αρχάνες τελεί υπό την αιγίδα της Αρχαιολογικής Εταιρείας.