Το υπουργείο Πολιτισμού, μέσω διαχειριστικού σχεδίου (masterplan), θέτει τις βάσεις για το ολοκληρωμένο πλαίσιο προστασίας, ανάδειξης και λειτουργικής ενοποίησης των αρχαιολογικών χώρων και των μνημειακών ενοτήτων του Πυθαγορείου της Σάμου. Όπως αναφέρεται σε ανακοίνωση του ΥΠΠΟ, το διαχειριστικό σχέδιο αφορά σε έναν από τους σημαντικότερους αρχαιολογικούς χώρους του Ανατολικού Αιγαίου. Η αρχαία πόλη, σε άμεση σχέση με τον σύγχρονο οικισμό, το λιμάνι, τα τείχη, τα δημόσια κτίρια, οι λατρευτικές εγκαταστάσεις, τα υδραυλικά έργα, οι νεκροπόλεις και τα κατάλοιπα των μεταγενέστερων ιστορικών περιόδων συνθέτουν ένα ιδιαίτερα πυκνό και σύνθετο πολιτιστικό και αρχαιολογικό τοπίο. Το Πυθαγόρειο, μαζί με το Ηραίο, είναι ενταγμένο στον Κατάλογο Μνημείων Παγκόσμιας Κληρονομιάς της UNESCO.
Η υπουργός Πολιτισμού, Λίνα Μενδώνη, δήλωσε: «Η Σάμος διαθέτει έναν ιδιαίτερα σημαντικό και πολυδιάστατο πολιτιστικό πλούτο, αναδεικνύοντας τη διαχρονική της παρουσία και τη σημασία της στον ελληνικό πολιτισμό. Αποτελεί προτεραιότητα για το υπουργείο Πολιτισμού η προστασία και ανάδειξη του Ηραίου, του αρχαίου Πυθαγορείου, των πολυάριθμων μνημείων και αρχαιολογικών καταλοίπων που συνθέτουν ένα μοναδικής αξίας πολιτιστικό απόθεμα. Το Πυθαγόρειο κατέχει ξεχωριστή θέση στον σχεδιασμό μας, λόγω της ιδιαίτερης ιστορικής και αρχαιολογικής του σημασίας, αλλά και της συνύπαρξης της αρχαίας πόλης με τον σύγχρονο οικισμό. Πρόσφατα αποδώσαμε στους κατοίκους και στους επισκέπτες του Πυθαγορείου το αποκατεστημένο και αναδεδειγμένο Παλαιοχριστιανικό Κοιμητήριο, ενώ ξεκινά το έργο της ανάδειξης του Κάστρου και της αποκατάστασης του Ναού της Μεταμορφώσεως. Αντίστοιχη προστασία και ανάδειξη αρμόζει και στα υπόλοιπα μνημεία του. Το διαχειριστικό σχέδιο αποτελεί τη βάση για την ολοκληρωμένη προσέγγιση προστασίας, ενοποίησης και ανάδειξης των αρχαιολογικών χώρων του, με σκοπό τη σταδιακή διαμόρφωση ενός συνεκτικού δικτύου μνημείων, διαδρομών, δημόσιων χώρων, σημείων στάσης και πληροφόρησης, πολιτιστικών και εκπαιδευτικών λειτουργιών και ψηφιακών εφαρμογών ξενάγησης, αποβλέποντας στην ανάπτυξη και στην οικονομική βιωσιμότητα του νησιού. Στόχος μας είναι ο επισκέπτης να αντιλαμβάνεται τη δομή και την ιστορία της αρχαίας πόλης. Με αυτόν τον σχεδιασμό επιδιώκουμε την ανάδειξη του Πυθαγορείου ως αρχαιολογικού πάρκου στον ζωντανό ιστό της πόλης, συνδέοντας την προστασία της πολιτιστικής κληρονομιάς με την ποιότητα ζωής των κατοίκων και την εμπειρία των επισκεπτών. Για την υλοποίησή του απαιτείται η συνεργασία του υπουργείου Πολιτισμού, του Δήμου Ανατολικής Σάμου, της Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου, των συναρμόδιων υπηρεσιών και των τοπικών φορέων. Με τη συνεργασία όλων μπορούμε να διαμορφώσουμε στο Πυθαγόρειο ένα πρότυπο αρχαιολογικό πάρκο, αρμονικά ενταγμένο στον σύγχρονο οικισμό».
Σύμφωνα με την ανακοίνωση του ΥΠΠΟ, η μελέτη καταγράφει συστηματικά την υφιστάμενη κατάσταση και τις ανάγκες, μεταξύ των οποίων η οργάνωση και η ενοποίηση των απαλλοτριωμένων εκτάσεων και η ολοκλήρωση των ανασκαφών, προτείνοντας ρεαλιστικές και ιεραρχημένες παρεμβάσεις. Το σχέδιο διακρίνει τις δράσεις σε άμεσα μέτρα, που αφορούν κυρίως την ασφάλεια, τον καθαρισμό, τη συντήρηση, την περίφραξη, τη σήμανση και την αρχική οργάνωση των χώρων, και σε μακροπρόθεσμες παρεμβάσεις, οι οποίες απαιτούν εξειδικευμένες μελέτες, χρηματοδότηση και τη συνεργασία των αρμόδιων φορέων. Η μελέτη επικεντρώνεται σε πέντε αρχαιολογικές θέσεις πρωτεύοντος ενδιαφέροντος, οι οποίες είναι καθοριστικές για την κατανόηση της ιστορικής εξέλιξης του Πυθαγορείου: τις Ρωμαϊκές Θέρμες, τον Ναό του Διονύσου, τον Ρωμαϊκό Ναό -πιθανόν της Αφροδίτης- την Αρχαία Αγορά και το Στωικό Οικοδόμημα.
Τέλος, στην ίδια ανακοίνωση επισημαίνεται ότι το διαχειριστικό σχέδιο δεν περιορίζεται στις πέντε βασικές αρχαιολογικές θέσεις, αλλά εξετάζει το Πυθαγόρειο ως ενιαίο ιστορικό και πολεοδομικό σύνολο. Στο ευρύτερο πλαίσιο εντάσσονται, μεταξύ άλλων, το Κάστρο και ο λόφος του Λυκούργου Λογοθέτη, τα σωζόμενα τμήματα της αρχαίας και βυζαντινής οχύρωσης, ο αρχαίος πολεμικός λιμένας, το Αρχαιολογικό Μουσείο, το Ευπαλίνειο Όρυγμα, οι νεκροπόλεις, τα ιερά και το Παλαιοχριστιανικό Κοιμητήριο. Ιδιαίτερη βαρύτητα δίνεται στη σύνδεση της προστασίας των μνημείων με τη βιώσιμη αστική κινητικότητα. Προτείνονται η αποφόρτιση της πόλης από τη διαμπερή κυκλοφορία, η δημιουργία χώρων στάθμευσης εκτός των ευαίσθητων αρχαιολογικών περιοχών, η βελτίωση των πεζοδρομίων και η δημιουργία ασφαλών διαδρομών που θα συνδέουν το Αρχαιολογικό Μουσείο, την Αρχαία Αγορά, τις Θέρμες, το Κάστρο, το Ευπαλίνειο Όρυγμα και τα λοιπά μνημεία. Παράλληλα, προβλέπεται η διερεύνηση των ζητημάτων προστασίας του φυσικού και αρχαιολογικού τοπίου, με έμφαση στο νότιο παραλιακό μέτωπο, όπου η διάβρωση και οι κατακρημνίσεις βραχωδών πρανών δημιουργούν κινδύνους για τα μνημεία και την ασφάλεια των επισκεπτών, καθώς και στον λόφο Καστρί.
